atoms前沿信息_atomsphere(2024年11月实时热点)
分子对接详细步骤:从零开始到成功 嘿,大家好!今天我们来聊聊分子对接的详细步骤,特别是那些你可能遇到的报错和解决方法。准备好了吗?让我们开始吧! 前期准备:处理大分子和小分子 슥䄧大分子(如TP53) 下载并安装软件:首先,你需要安装PyMOL、AutoDock和Python。具体来说,PyMOL用于处理蛋白质结构,AutoDock用于对接计算,而Python则是这些工具的桥梁。 去除配体和其他受体:在PyMOL中打开你的大分子(如TP53),然后输入“remove solvent”和“remove organic”命令,以去除不需要的部分。保存文件时,选择PDB格式。 处理小分子(如small) 打开Chem3D:在Chem3D中打开你的小分子(如small),然后进行能量最小化计算。保存时选择mol2格式。 转换格式:在OpenBabel中,将小分子的格式从sdf转换为mol2。具体步骤是:选择输入格式为sdf,选择输出格式为mol2,然后进行转换。 分子对接操作 在AutoDock中进行对接 导入大分子:在AutoDock中,选择“File”菜单,然后点击“Read Molecule”,导入你处理好的大分子(如TP53)。 计算电荷数:选择“Edit”菜单,然后点击“Charges”,计算Gasteiger电荷数。 刚性原子指定:选择“Edit”菜单,然后点击“Atoms”,指定AD4类型。 保存文件:顺利完成后,保存文件为PDBQT格式。 在AutoDock中进行小分子对接 清除大分子:在AutoDock中,选择“Edit”菜单,然后点击“Molecule”,删除所有分子。 导入小分子:选择“Ligand”菜单,然后点击“Open”,导入你处理好的小分子(如small)。 设置Torsion Tree:按照顺序进行操作,包括Root Expansion、Detect Root、Show Root Expansion和Choose Torsions。完成后点击“Done”。 保存小分子:选择“Ligand”菜单,然后点击“Output”,保存为PDBQT格式。 解决问题和报错 犥 氢报错:如果在加氢过程中出现“non-bonded atoms”的报错,可能是蛋白需要更换。这时候,你可以尝试在Pymol中进行操作,重新下载其他版本的蛋白。 保存报错:如果在保存过程中出现报错,可能是文件夹名字的问题。尝试更改文件夹名字,再试试保存。 小结 分子对接是一个复杂但有趣的过程,需要耐心和细心。希望这篇详细的步骤分享能帮到你!如果你有任何问题或需要进一步的帮助,欢迎随时留言哦!
【Golden Atoms — Duology】网页链接 Michael Marcus 和 Ted Daniel 二人组,他们的合作作品给自己找到了一个元素丰富的房间,有着二人的长期以来演奏的灵感,丰富的音乐内涵。
「新机来了」OPPO Pad Air 10.36英寸2K高清护眼屏,8mm超窄边框,83.5%超大屏占比。Dolby Atoms杜比全景声技术加持,以及0.8cc大容量音腔搭配1W大功率扬声器,带来了更有氛围感且空间感分明的立体声效果。搭载了8核架构的骁龙680移动平台,配合最高6GB+128GB内存组合,支持存储卡拓展,配合WiFi 5与蓝牙5.1。 机身采用超薄设计,厚度仅为6.94mm,重量也仅为440g,而且经过专业的人机工学设计,背部更贴合人掌心的弧度,机身持握更舒适且不沾指纹。
小破站网页版突然支持杜比视界和HDR了! 今天真是开心到飞起!刷视频的时候突然发现,Windows系统自带的Edge浏览器居然也能打开杜比视界了! 虽然Mac端早就体验过这个功能,但之前用Chrome浏览器和各种插件折腾了半天,效果还不好。现在小破站终于原生支持了,简直是画质党的福音啊! 不仅如此,Hi-Res音频也上线了,杜比全景声暂时还不支持。不过,MacOS那边的情况也不太理想,我的三星Q990D回音壁的DoblyAtoms功能还没完全点亮。 不知道是从什么时候开始的,但感觉应该不久吧?我用的是Win11 24H2,Edge浏览器也更新到最新了。总之,今天真是开心到不行!
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