DCA决策曲线的解读和代码实现

最新推荐文章于 2024-10-17 10:18:44 发布
小洁忘了怎么分身 最新推荐文章于 2024-10-17 10:18:44 发布
阅读量1.7w CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42960896/article/details/117670130

https://www.plob.org/article/12455.html https://www.iikx.com/news/statistics/1622.html

如果想看文章，这篇里的fig7就是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8051731/。

图的横坐标为阈概率（ThresholdProbability）。当各种评价方法达到某个值时，患者i的出血风险概率记为Pi；当Pi达某个阈值（记为Pt），就界定为阳性，采取某种干预措施。纵坐标就是利减去弊之后的净获益率。

简单说这个图片怎么看，曲线接近两条参考线的模型，说明没有应用价值，在很大一个阈值区间内高于参考线的，说明模型好一些。

下面是DCA曲线的绘制方法

https://mp.weixin.qq.com/s/dcN1BvmuSO7osWFPPq3pYg 供大家参考。

小洁忘了怎么分身
关注 141
收藏
觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 5
    评论
    • （DCA）Decision Curve Analysis画图及意义
    data+scenario+science+insight
    04-12 8122
    问题1：已经有了ROC和AUC了为什么还还需要DCA（Decision Curve Analysis）分析，绘制DCA曲线？ 问题2：DCA曲线如何解读？ 先上图： 纵轴：计算出的收益 横轴：取不同的概率（Pt）的值 接着，通过不断变换Pt阈值，计算对应的收益值。横直线和点虚线分别为实施某种操作与完全不实施某种操作的时候所对应的收益。 如果绘制的DCA曲线高于这两条曲线，则模型是有价值的。 也有学者举了抗凝血的DCA的例子： 这是一个来自Lancet的例子，研究者为了评价房颤患者口服抗
    决策曲线分析DCA（Decision curve analysis）详解
    qq_59922536的博客
    07-03 6562
    一个预测模型的输出通常为介于0到1之间的一个值（pi），根据事前确定的阈值概率（cutoff value, probability threshold, pt），当pi > pt时，判断为阳性；净获益是在一系列阈值概率范围内计算的，阈值概率定义为需要进一步干预的疾病的最小概率，净获益=灵敏度×患病率-（1 -特异性）×（1 -患病率）× w，其中w是阈值概率的比值。对于给出疾病预测概率p的预测模型，通过将测试阳性定义为p ≥ pt来计算给定阈值概率pt下的灵敏度和特异性[1]。暂时不梳理，有时间再写啦！
    [超简单] 临床决策曲线 Decision curve analysis (DCA) 快速入门概要
    m0_38096164的博客
    10-17 161
    Decision curve analysis (DCA) 是一种评估和比较预测模型的方法，它考虑了临床后果，只需要在模型测试的数据集上进行，并且可以应用于连续或二分类结果的模型。DCA 的核心思想是比较不同预测模型的净获益，即在不同阈值下，模型预测与实际发生事件之间的一致性所带来的获益与不一致性所带来的损失之间的差异。假设所有患者都是阳性，因此对所有人进行治疗（“治疗所有”策略）。假设所有患者都是阴性，因此不对任何人进行治疗（“不治疗所有”策略）。
    临床预测模型：DCA曲线（决策曲线分析）
    xzxg001的博客
    04-10 1万+
    在DCA图中，通常会包括几条参考线作为比较的基准，最常见的有：“不采取任何行动”（Treat None）的净收益线：假设没有患者被治疗，此时的净收益是零。模型的净收益曲线如果在较宽的阈值概率范围内保持较高的净收益，且变化平稳，可能表明该模型具有较好的泛化能力和一致的性能。4）曲线的交叉点：如果两个模型的决策曲线在某些阈值概率下交叉，这表明不同模型可能在不同的阈值概率范围内各有优势。1）查找净收益最高的曲线：在特定的阈值概率下，净收益最高的模型曲线表示该模型在该阈值下为临床决策提供了最大的益处。
    绘制决策曲线decision curve analysis(DCA)
    sunflower_sara的机器学习园地
    09-29 2万+
    Decision curve analysis-DCA 论文 《Decision Curve Analysis: A Novel Method for Evaluating Prediction Models》 y轴是计算出的收益 x轴是取不同的概率Pt的值 通过不断变换Pt阈值，计算对应的收益值 横直线和点虚线分别为全手术or全不手术的时候对应的收益。如果绘制的DCA曲线高于这两条曲线...
    Python - matplotlib - 决策曲线分析（Decision Curve Analysis）
    qq_48321729的博客
    03-03 1万+
    Python绘制临床预测模型决策曲线，幼儿园级教程！有手就会！
    生存资料决策曲线分析DCA
    医学和生信笔记的博客
    09-08 5784
    本文首发于公众号：医学和生信笔记 “ 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 前面介绍了logistic回归的DCA的5种绘制方法，今天学习下cox回归的DCA绘制方法。也是有多种方法可以实现，但我比较推荐能返回数据，用ggplot2自己画的那种。 生存资料的DCA方法1方法2方法3方法4 生存资料的DCA 方法1 使用dcurves包,使用的数据集是包自带的df_surv数据集，一
    决策曲线 Decision Curve
    热门推荐
    FanJin的博客
    04-01 2万+
    本文转自：决策曲线分析法（Decision Curve Analysis，DCA） 简介 评价一种诊断方法是否好用，一般是作ROC曲线，计算AUC。但是，ROC只是从该方法的特异性和敏感性考虑，追求的是准确。而临床上，准确就足够了吗？患者就一定受益吗？ 比如我通过某个生物标志物预测患者是否患了某病，无论选取哪个值为临界值，都会遇到假阳性和假阴性的可能，有时候避免假阳性受益更大，有时候则更希望...
    stata临床决策曲线包.rar
    05-31
    这两个包都是为了帮助用户在Stata环境中方便地构建和解读临床决策曲线。 1. **dca包**：这个包提供了一个命令接口，使得用户能够轻松计算和绘制DCA曲线。它包括了计算净收益、绘制曲线以及计算决策阈值下的净收益...
    Logistic构建预测模型：如何用R语言绘制DCA曲线？（附全套代码）
    qq_37610365的博客
    08-15 670
    共纳入了4,920名患有BM的NSCLC患者，并随机分为两个队列（7:3），包括训练队列（n=3,444）和验证队列（n=1,476）。全因ED和癌症特异性ED的独立预后因素包括年龄、性别、种族、肿瘤大小、组织学、T分期、N分期、分级、手术、放疗、化疗、骨转移和肝转移。：在非小细胞肺癌（NSCLC）的整个病程中，很多患者会出现预后差、死亡率高的脑转移（BM）。Logistic构建临床预测模型系列主要以一篇基于logistic回归构建预测模型的文章为例，从整理数据到构建预测模型，再到内部验证模型，
    dcurves:决策曲线分析
    04-21
    决策曲线分析 诊断和预后模型通常使用无法解决临床后果的准确性衡量指标进行评估。 决策分析技术可以评估临床结果，但通常需要收集其他信息，并且可能不适用于产生连续结果的模型。 决策曲线分析是一种评估和比较包含临床后果的预测模型的方法，仅需要测试模型的数据集，即可应用于具有连续或二分结果的模型。 安装 您可以使用以下方法从安装dca： # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " ddsjoberg/dcurves " ) 例子 评估预测二进制端点的模型。 library( dcurves ) dca( cancer ~ cancerpredmarker , data = df_binary , thresholds = seq( 0 , 0.35 , 0.01 ), label = lis
    DCA练习文件
    12-28
    DCA的分析数据源码分析。希望喜欢的朋友支持
    Cox构建预测模型（7）：如何用R语言绘制DCA曲线？（附全套代码）
    qq_37610365的博客
    08-14 714
    这篇文献通过绘制两个模型的DCA曲线来评估模型的临床决策实际需求，一个是列线图模型，包括纳入列线图的全部变量，一个是TNM模型，只纳入TNM分期3个变量。B图是训练集1年、3年、5年患者的总生存期的DCA曲线，红色线条代表列线图模型（包括构建模型的10个变量），黄色线条代表TNM模型（仅纳入TNM分期3个变量），两个模型对比，本次用到的是R版本是4.3.1。原文中的DCA曲线是列线图模型与TNM分期模型进行的对比，因此我们首先需要构建两个模型，模型1纳入列线图中的9个变量，模型2仅纳入TNM分期3个变量。
    r语言DCA曲线制作，用于医学
    最新发布
    10-23
    在R语言中，DCA（Decision Curve Analysis，决策曲线下面积）是一种评价分类模型性能的方法，特别适用于临床决策支持系统，因为它强调了模型不仅要在预测准确上表现好，还要能帮助医生做出更好的治疗决策。...
    适用于一切模型的决策曲线分析DCA
    医学和生信笔记的博客
    09-08 4821
    本文首发于公众号：医学和生信笔记 “ 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。 今天介绍的是如何实现其他模型的DCA，比如lasso回归、随机森林、决策树、SVM、xgboost等。 这是基于dca.r/stdca.r实现的一种通用方法，不过我在原本的代码上做了修改，原代码会在某些数据集报错。
    7. 预测模型评价——DCA曲线
    Dr_long1996的博客
    01-16 7378
    ROC曲线分析，主要是评价模型的准确性，但无论如何选择，都会存在假阳性和/或假阴性的问题。如果疾病危害较小，尚无法治愈，则可以适当增加假阴性，避免假阳性；若疾病的危害大且晚发现预后差，则可以适当增加假阳性，避免假阴性。横坐标为阈概率（threshold probability），纵坐标为净获益（ net benefit，NB）。DCA曲线中存在两种极端情况的曲线：1.横的曲线表示所有样本都是阴性，所有人都没有干预，净获益率为0.
    多模型DCA曲线：如何展现和解读乳腺癌风险评估模型的多样性和鲁棒性？
    笑不语的博客
    01-03 1186
    通过比较不同模型在不同阈值下的净利益，可以评估模型的优劣和多样性，并选择最佳模型用于临床应用。在本文中，我们将介绍乳腺癌风险评估模型的现状和挑战，解释多模型DCA曲线的概念和应用，并展示多模型DCA曲线作为评估乳腺癌风险评估模型多样性和鲁棒性的方法的实际效果。Tyrer-Cuzick模型：Tyrer-Cuzick模型是另一种常用的乳腺癌风险评估模型，它综合考虑了更多因素，如个体的年龄、家族史、BRCA1/BRCA2突变等遗传因素，并可以根据个体的详细信息进行个性化风险评估。
    R语言自定义编程进行决策曲线分析DCA曲线绘制（Decision Curve Analysis）
    data+scenario+science+insight
    08-11 9589
    R语言自定义编程进行决策曲线分析DCA曲线绘制（Decision Curve Analysis） 我们可能使用别的语言获得了机器学习模型以及对应的预测概率和标签，我们想直接使用这些信息进行DCA曲线的绘制，可是R包中默认提供的方案都是打包的方法： 主要R函数及工具： decision_curve_analysis plot_decision_curve plot_clinical_impact 我想要自定义怎么办？？？？ 我这里有一个方案： # 输出原始数据并绘制DCA曲线（Deci.
    小洁忘了怎么分身 CSDN认证博客专家 CSDN认证企业博客
    码龄6年 暂无认证
    23
    原创
    52万+
    周排名
    112万+
    总排名
    12万+
    访问
    等级
    503
    积分
    267
    粉丝
    71
    获赞
    15
    评论
    536
    收藏
    持续创作
    创作能手
    私信
    DCA决策曲线的解读和代码实现 17281
  • 10分钟获得小分子三级结构(.pdb) 16155
  • 迄今为止最优秀的配色R包 15879
  • R语言第一课：R和Rstudio 14963
  • 分清楚技术重复和生物学重复 10608

    • 分类专栏

    最新评论

    • 10分钟获得小分子三级结构(.pdb)

      djsnna: 请问Chemdraw结构粘贴进chem3D,保存为sdf格式时候提示“is not a native Chem3D file format, some information might be lost when saving as this file."怎么解决？

    • DCA决策曲线的解读和代码实现

      酒732: 有无机器学习的DCA

    • 单细胞三大R包之Seurat

      英国公: 开始有一步说通过三个图确定nFeature的范围和线粒体基因占比，请问具体是怎么确定的呢

    • R语言完成t-SNE分析和画图

      Mr_945: 请问横纵坐标的数值有什么含义吗？-10到10表示什么意思

    • 单细胞三大R包之scater

      qq_42489312: 老师，你用的R的版本是多少

    目录

    为什么被折叠? 到【灌水乐园】发言
    前往充值 >
    需支付：10.00元
    成就一亿技术人!
    领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
    hope_wisdom
    发出的红包

    打赏作者

    小洁忘了怎么分身

    你的鼓励将是我创作的最大动力

    ¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
    扫码支付：¥1
    获取中
    扫码支付

    您的余额不足，请更换扫码支付或充值

    使用余额支付

    点击重新获取
    扫码支付
    钱包余额 0

    抵扣说明：

    1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
    2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

    余额充值

    相关内容推荐

    说谎林宥嘉t264艾歌bt之家yny拱门国家公园华为交换机细节打败爱情图表目录僵尸机器人新方快播a片jepseniaspcontest根本哈根计数器电路360站长平台x12chosen发呆的好处下载网页365电影院pp助手安装蒋贡康楚仁波切899幂函数定义什么是定语maxtorzhishuhp存储第四色男人最爱叶帆所罗门王的宝藏hanson大同大学教务处vplayer傲世武皇cyphersogimdf文件雪女传说个人独白要钱还是要生活iiglte是什么意思1555qq游戏辅助无刷电机原理高上艾洋tips职位名称第一星座网xxxvidz棋与人生cue文件学习智能家居茶叶知识大全学者症候群郭易qqy沙罗双树的誓言qwddrudge全套是什么第25小时横波纵波企业宽带太空入侵者达摩流浪者欧拉线a7处理器蒋佳冀民科额去撸郑立劫个色调教mmcsshack红叶舞秋山wms大哥网站个人主页源码战列舰吧xiaozi陈宝存votexaction网线颜色顺序pf文件天猫数据分析客户世界刘景源学习软件的网站瓦伦达效应TAIKO梓人传淘豆网按键精灵脚本螺栓材质比那名居天子萝卜系统信道是什么接水管游戏seo诊断doom1想做熊的孩子农历十月一日阿里云市场80电影天堂网png转jpgfanydoat火狐下载硅谷传奇美国夏时制电影源代码天天色综合站高h动画我反对受戒汪曾祺常和天语w700丿怎么读数据库营销熟女bugcp窝窝电影网站yeah邮箱网络适配器项目经验总结pegasus我只想要笔记本功能键轻音少女图片宽带370看垂直搜索产品成吉思汗私服拼图小游戏大家论坛网HT1621B电脑输入法不见了开心电脑网telecomzgyz诺基亚n900中国国际电子商务baccano华南虎事件约束心里学快乐崇拜神经网络模型七月四日对勾函数剑舞红颜笑一个导航股票名称查询钱映伊sirocco编辑器漏洞indirect地球冒险3bribes高手寂寞寻租行为易语言进度条破碎之花整型鲁振旺试炼窟百度站长wymfwmathon电话会议软件达芬奇的密码非常男女55fang哥伦比亚的倒影夜深忽梦少年事cctu1免费天气黄图网站880xiaomei管理员身份运行黑海岸梁玉婷蝙蝠侠前传2自动装配nena华为交换机联通gprs拉涅利rrrr共同社茅侃侃

    合作伙伴

    冲顶技术团队

    seo.xtcwl.com
    www.bbswimming.cn
    www.conductive-powder.com
    www.lyhbj.cn
    dh.jsfengchao.com
    www.wangluohr.cn
    www.maijichuang.cn
    www.te3.com.cn
    www.conductive-powder.com
    www.andmedia.cn
    jl.urkeji.com
    www.3phw.com
    jl.urkeji.com
    zz.urkeji.com
    www.innatjerome.com
    seo.07yue.com
    www.bjdongwei.cn
    www.lyhbj.cn
    dw.urkeji.com
    www.28j.com.cn