写在开头 在最开始想要复现clusterProfiler安装及报错的时候，发现4.2.0版本的R里面能直接安装成功不会报错，然后就选择先把R和Rstudio版本更新 然后因为更新时候没有选择同步更新所有的包，所以目前Packages里面的包少的可怜。

不过无所谓，先来安装一下clusterProfiler，看看会遇到哪些报错好了 设置镜像以及安装BiocManager

因为咱们网络可能会有限制，所以设置镜像能帮助我们更有希望下载我们需要的R包。 然后BiocManager主要用来安装来自Bioconductor的包，在之前R包安装与使用中给大家介绍过了。 #设置镜像 options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") #安装加载BiocManager包 if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F) library(BiocManager)

安装clusterProfilerBiocManager::install("clusterProfiler")

需要安装亿些些依赖包，目前常见的报错是以.db结尾的三个依赖包‘GO.db’，‘MPO.db’， ‘HPO.db’会显示安装不上

具体报错情况：一般而言waring我们是不需要特别关注的，但是如果是Error就要注意了！

GO.db是正常装上了的。

最后也有Warning messages:提示最后两个包安装退出状态不为0

报错信息及解决 > library(clusterProfiler) 错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘HPO.db’这个名字的程辑包 首先出来的是‘HPO.db’这个包的报错信息，那我们先尝试直接安装一下，三种线上安装方法都没办法下载，所以就是只能说下载到本地，然后从本地导入R包

install.packages("HPO.db") BiocManager::install("HPO.db") devtools::install_github("huerqiang/HPO.db")

下载到本地安装导入 我们直接使用bing浏览器搜索HPO.db，找到对应的Github页面（明明第一个显示Bioconductor - HPO.db，不能下载也是奇奇怪怪）

选择code——download ZIP下载文件到本地文件夹（如果打不开Github那又是另外一个事故了）

下载好以后我们把压缩包放到我们常用的文件夹里面，然后解压开来，在使用函数或者直接读取R包

导入本地的R包 可以用命令导入或者直接选择Tools中的Install Packages然后在Install from里面选择Package Archive File，再找到需要导入的R包即可

使用命令行导入 #导入本地包时，需要注明绝对路径 > install.packages("D:/LearnR/HPO.db_MPO.db-main/HPO.db_0.99.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source") 将程序包安装入‘C:/Users/biotr/AppData/Local/R/win-library/4.3’ (因为‘lib’没有被指定) * installing *source* package 'HPO.db' ... ** using staged installation ** R ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (HPO.db) > library(HPO.db) 手动导入

选择Tools中的Install Packages然后在Install from里面选择Package Archive File，再找到需要导入的R包即可

Ps：其实会出来一条刚刚我们导入本地包的命令，区别就是不需要我们手动输入命令，只要指定好R包即可

然后再加载clusterProfiler即可成功！

结尾总结所以我们来总结一下这个安装的过程，首先就是尝试直接安装clusterProfiler，遇到报错解决报错。

然后安装R包默认是先尝试R包安装与使用中提到的，三种直接用命令获取R包的方式，实在不行去Github上下载到本地再导入R包。

最后使用本地安装R包的时候，如果用命令导入，那要指定好对应的位置，如果不想这么麻烦，那就选择手动导入，让R语言自己去生成命令。

总之，遇到报错不要慌，包装不上也不要慌，仔细看看报错信息，小脑袋转一转肯定能解决的。